Die Struktur des 7. EU-Forschungsrahmenprogramms (7.FRP) unterscheidet sich von der des 6. EU-Forschungsrahmenprogramms. Dies hat auch Auswirkung auf die Themenbereiche, die sich im 7. FRP im Spezifischen Programm Kooperation wiederfinden. Gab es im 6. EU-Forschungsrahmenprogramm noch sieben Thematische Prioritäten, so ist das Spezifische Programm Kooperation in zehn Themen untergliedert. Die Veränderung ist nicht alleine auf eine zusätzliche Aufnahme von Themenbereichen zurückzuführen, sondern ergibt sich ebenso aus einer Umstrukturierung mancher Programme.
Die Änderungen beziehen sich außerdem auf eine Neustrukturierung der Instrumente, die zur Durchführung der Projekte dienen. Neu hinzugekommen ist ein Instrument: Die Europäischen Technologieinitiativen.
Änderungen der Instrumente von 6. FRP zum 7. FRP:
