Zur Beseitigung des strukturellen wirtschaftlichen und sozialen Ungleichgewichts zwischen den Regionen Europas und Unterstützung ihrer Regionalpolitik verfügt die EU über den Kohäsionsfonds und zwei Strukturfonds:
Für die Förderphase 2007 - 2013 wurde die Kohäsions- und Regionalpolitik auf drei Ziele neu orientiert:
60% der Ausgaben aller Mitgliedsstaaten im Rahmen des Ziels „Konvergenz“ und 75% der Ausgaben im Rahmen des Ziels „Regionale Wettbewerbsfähigkeit und Beschäftigung“ sind an die Prioritäten der Lissabon-Strategie geknüpft und somit zweckgebunden. In diesem Zusammenhang dient die EU-Kohäsionspolitik der Flankierung der Lissabon-Ziele. Forschung, Entwicklung und Innovation sind folglich ein wichtiger Bestandteil der neuen Förderphase der Strukturfonds. Dies spiegelt sich in den nationalen und regionalen Strategieplänen wieder.
Die Instrumente der europäischen Kohäsions- und Regionalpolitik tragen in unterschiedlicher Weise zur Verwirklichung der verschiedenen regionalpolitischen Ziele – Konvergenz, Regionale Wettbewerbsfähigkeit und Europäische Territoriale Zusammenarbeit - bei.

Der Kohäsionsfonds fördert Interventionen in den Bereichen Umwelt und transeuropäische Verkehrsnetze. Er richtet sich an die Mitgliedsstaaten mit einem Bruttoinlandsprodukt (BIP) von weniger als 90 % des Gemeinschaftsdurchschnitts. Im Zeitraum 2007 - 2013 kommen die zwölf neuen Mitgliedsstaaten sowie Griechenland und Portugal für eine Förderung durch den Kohäsionsfonds in Betracht; Spanien erhält eine Übergangsförderung.
In Deutschland kommen die Instrumente EFRE und ESF zum Tragen und sind in dieser Förderphase von besonderer Relevanz für die Förderung von Forschung und technologischer Entwicklung.
Europäischer Fonds für Regionale Entwicklung (EFRE)
Der EFRE kann im Rahmen der drei neuen Ziele der Regionalpolitik (Konvergenz, Regionale Wettbewerbsfähigkeit und Europäische territoriale Zusammenarbeit) tätig werden. Das Dachziel des EFRE ist die Stärkung der wirtschaftlichen und sozialen Kohäsion in der Europäischen Union durch Abbau der Disparitäten zwischen den einzelnen Regionen. Der EFRE finanziert:
Beim Konvergenz-Ziel werden Maßnahmen gefördert, die auf die Modernisierung und Diversifizierung der Wirtschaftsstruktur sowie die Erhaltung oder die Schaffung dauerhafter Arbeitsplätze u. a. in folgenden Bereichen abzielen:
In Deutschland sind unter dem Ziel „Konvergenz“ folgende Gebiete förderfähig: Brandenburg-Nordost, Mecklenburg-Vorpommern, Chemnitz, Dresden, Dessau, Magdeburg, Thüringen. Brandenburg-Südwest, Lüneburg, Leipzig und Halle erhalten eine Übergangsförderung.
EFRE – Ziel „Regionale Wettbewerbsfähigkeit und Beschäftigung“
Unter dem Ziel „Regionale Wettbewerbsfähigkeit und Beschäftigung“ liegen die Förderschwerpunkte auf:
Förderfähig sind alle übrigen (deutschen) Regionen, die nicht unter dem Ziel "Konvergenz" gefördert werden.
EFRE – Ziel „Europäische Territoriale Zusammenarbeit“
Die Förderachsen konzentrieren sich hierbei auf:
Unter dem Ziel „Europäische territoriale Zusammenarbeit“ richten sich die Fördergebiete nach den unterschiedlichen Formen der Kooperationen:
In Deutschland steht im Fokus vieler über EFRE ko-finanzierten operationellen Programme die Stärkung der regionalen Forschungslandschaft und der Innovationsfähigkeit, insbesondere bei KMU. Kooperationen zwischen Hochschulen, Forschungseinrichtungen und Unternehmen zu Forschungszwecken und im Sinne des Wissenstransfers werden bevorzugt gefördert. Die Förderung von Forschungsaktivitäten kleiner und mittlerer Unternehmen (KMU) ist ebenfalls ein wichtiger Bestandteil der Förderungsvorschläge. In den Konvergenz-Regionen ist die Stärkung der Infrastruktur von Hochschulen und Forschungseinrichtungen ebenfalls vielerorts förderfähig.
Europäischer Sozialfonds (ESF)
Der ESF dient der Förderung der Beschäftigung in der EU. Der Fonds unterstützt Maßnahmen zu den Zielen Konvergenz und Europäische Wettbewerbsfähigkeit und Beschäftigung
In Deutschland werden durch das ESF-Bundesprogramm die Schwerpunkte insbesondere auf folgende Themen gelegt:
Die spezifischen Schwerpunkte werden auf nationaler bzw. regionaler Ebene festgelegt und sind den Operationellen Programmen zu entnehmen.