Dezentrale Verwaltung
Die Umsetzungsprogramme („Operationelle Programme“) der Strukturfonds werden im Gegensatz zum Forschungsrahmenprogramm nicht zentral in Brüssel, sondern in den einzelnen Mitgliedsstaaten verwaltet.
Der von der EU vorgegebene inhaltliche und finanzielle Rahmen zur Umsetzung der Strukturfonds wird von den Mitgliedsstaaten aufgegriffen und in der Gestaltung der operationellen Programme umgesetzt. Die operationellen Programme werden anschließend von der Kommission genehmigt.

Das Entscheidungsverfahren über die eingereichten Projekte wird ebenfalls national bzw. regional festgelegt und durchgeführt.
Finanzierungsmodalitäten
Für die Förderphase 2007 - 2013 stehen der Kohäsionspolitik 347,41 Mrd. Euro zur Verfügung.
Die Fördermittel werden wie folgt auf die Ziele verteilt:

Die gesamte Summe wird von der Kommission nach unterschiedlichen Kriterien zwischen den Mitgliedsstaaten aufgeteilt. Über die Verteilung der Mittel auf die Regionen entscheidet jeder Mitgliedsstaat – unter Berücksichtigung der Förderfähigkeit der jeweiligen Regionen – selbst.
Deutschland erhält insgesamt 26,3 Mrd. € an Strukturfonds-Förderung. Für die gesamte Förderphase (2007 - 2013) sind:
reserviert.
Für den Bereich „Forschung und technologische Entwicklung (F&TE), Innovation und Unternehmertum“ stehen in den operationellen Programmen 7,55 Mrd. € zur Verfügung - darunter 5 Mrd. € für den Bereich Forschung und Entwicklung.
Für die Kofinanzierung der Operationellen Programme (OP) durch europäische Mittel wurden folgende Höchstsätze festgelegt:
Es handelt sich hierbei um den Höchstsatz einer möglichen Kofinanzierung abhängig vom Typus des Fördergebiets und den in den jeweiligen OPs festgelegten Ausführungsverfahren.
Es besteht zusätzlich die Möglichkeit einer komplementären öffentlichen Kofinanzierung.